2013年に育成枠で指名された選手を紹介します。（※2021年終了時点）
前の年に育成枠で指名された選手はこちら。
目次
- 北海道日本ハムファイターズ
- 東京ヤクルトスワローズ
- オリックス・バファローズ
- 横浜DeNAベイスターズ
- 福岡ソフトバンクホークス
- 中日ドラゴンズ
- 千葉ロッテマリーンズ
- 広島東洋カープ
- 埼玉西武ライオンズ
- 阪神タイガース
- 東北楽天ゴールデンイーグルス
- 読売ジャイアンツ
北海道日本ハムファイターズ
指名なし
※育成選手の指名なし
東京ヤクルトスワローズ
指名なし
※育成選手の指名なし
オリックス・バファローズ
1巡目：東弘明
所属：徳島インディゴソックス
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
横浜DeNAベイスターズ
1巡目：砂田毅樹
所属：明桜高
ポジション：投手
通算成績：254試合、防御率3.58、9勝13敗72H、投球回306回1/3、235奪三振（※現役選手）
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2巡目：萬谷康平
所属：ミキハウス
ポジション：投手
通算成績：30試合、防御率3.21、2勝1敗4H、投球回33回2/3、27奪三振
福岡ソフトバンクホークス
1巡目：石川柊太
所属：創価大
ポジション：投手
通算成績：124試合、防御率3.19、38勝21敗8H、投球回496回2/3、435奪三振（※現役選手）
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2巡目：東方伸友
所属：浜田商業高
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
3巡目：曽根海成
所属：京都国際高
ポジション：捕手
通算成績：176試合、14安打、打率.209、0本塁打、5打点、20盗塁（※現役選手）
4巡目：張本優大
所属：佛教大
ポジション：捕手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
中日ドラゴンズ
1巡目：岸本淳希
所属：敦賀気比高
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
2巡目：橋爪大佑
所属：大阪商業大
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
千葉ロッテマリーンズ
1巡目：肘井竜蔵
所属：北条高
ポジション：捕手
通算成績：30試合、7安打、打率.159、0本塁打、2打点、0盗塁
広島東洋カープ
指名なし
※育成選手の指名なし
埼玉西武ライオンズ
指名なし
※育成選手の指名なし
阪神タイガース
指名なし
※育成選手の指名なし
東北楽天ゴールデンイーグルス
指名なし
※育成選手の指名なし
読売ジャイアンツ
1巡目：青山誠
所属：日本大
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
2巡目：長江翔太
所属：大阪経済大
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
3巡目：北之園隆生
所属：秀岳館高
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
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