2016年に育成枠で指名された選手を紹介します。（※2019年終了時点）
前の年に育成枠で指名された選手はこちら。
目次
- オリックス・バファローズ
- 中日ドラゴンズ
- 東北楽天ゴールデンイーグルス
- 東京ヤクルトスワローズ
- 埼玉西武ライオンズ
- 阪神タイガース
- 千葉ロッテマリーンズ
- 横浜DeNAベイスターズ
- 福岡ソフトバンクホークス
- 読売ジャイアンツ
- 北海道日本ハムファイターズ
- 広島東洋カープ
オリックス・バファローズ
1位：張奕
所属：日本経済大
ポジション：外野手
通算成績：8試合、防御率5.93、2勝4敗、投球回27回1/3、17奪三振（※現役選手）
2位：榊原翼
所属：浦和学院高
ポジション：投手
通算成績：18試合、防御率2.87、3勝4敗、投球回97回1/3、76奪三振（※現役選手）
3位：神戸文也
所属：立正大
ポジション：投手
通算成績：19試合、防御率3.86、0勝0敗5H、投球回21回、19奪三振（※現役選手）
4位：坂本一将
所属：石川ミリオンスターズ
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
5位：中道勝士
所属：明治大
ポジション：捕手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
中日ドラゴンズ
1位：木下雄介
所属：徳島インディゴソックス
ポジション：投手
通算成績：19試合、防御率5.48、0勝0敗1H、投球回23回、24奪三振（※現役選手）
東北楽天ゴールデンイーグルス
1位：千葉耕太
所属：花巻東高
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
2位：南要輔
所属：明星大
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
3位：向谷拓巳
所属：兵庫ブルーサンダーズ
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
4位：木村敏靖
所属：履正社医療スポーツ専門学校
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
東京ヤクルトスワローズ
1位：大村孟
所属：石川ミリオンスターズ
ポジション：捕手
通算成績：14試合、2安打、打率.154、1本塁打、1打点、0盗塁（※現役選手）
埼玉西武ライオンズ
指名なし
※育成選手の指名なし
阪神タイガース
指名なし
※育成選手の指名なし
千葉ロッテマリーンズ
1位：安江嘉純
所属：石川ミリオンスターズ
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
2位：菅原祥太
所属：日本ウェルネススポーツ大
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
横浜DeNAベイスターズ
1位：笠井崇正
所属：信濃グランセローズ
ポジション：投手
通算成績：18試合、防御率3.55、0勝0敗、投球回25回1/3、21奪三振（※現役選手）
福岡ソフトバンクホークス
1位：大本将吾
所属：帝京第五高
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
2位：長谷川宙輝
所属：聖徳学園高
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
3位：田代飛翔
所属：八戸学院光星高
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
4位：森山孔介
所属：藤沢翔陵高
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
5位：清水陸哉
所属：京都国際高
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
6位：松本龍憲
所属：崇徳高
ポジション：内野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
読売ジャイアンツ
1位：高井俊
所属：新潟アルビレックス
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
2位：加藤脩平
所属：磐田東高
ポジション：外野手
通算成績：5試合、0安打、打率.000、0本塁打、0打点、0盗塁（※現役選手）
3位：山川和大
所属：兵庫ブルーサンダーズ
ポジション：投手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
4位：坂本工宜
所属：関西学院大学準硬式野球部
ポジション：投手
通算成績：2試合、防御率13.50、0勝0敗、投球回2回、3奪三振（※現役選手）
5位：松原聖弥
所属：明星大
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
6位：高山竜太朗
所属：九州産業大
ポジション：捕手
通算成績：（一軍公式戦出場なし ※現役選手）
7位：堀岡隼人
所属：青森山田高
ポジション：投手
通算成績：3試合、防御率6.23、0勝0敗、投球回4回1/3、2奪三振（※現役選手）
8位：松澤裕介
所属：香川オリーブガイナーズ
ポジション：外野手
通算成績：（一軍公式戦出場なし）
北海道日本ハムファイターズ
指名なし
※育成選手の指名なし
広島東洋カープ
指名なし
※育成選手の指名なし
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